Quando un sommergibilista americano muore durante una cerimonia dedicata all'alleanza tra Australia e USA sancita dal patto AUKUS, gli agenti dell'NCIS americana e dell'AFP australiana sono costretti a collaborare in un'indagine congiunta.
L'NCIS: Sydney farà il possibile per risolvere il caso di uno spietato assassino in fuga, durante la prima caotica giornata da capo dell'agente speciale DeShawn Jackson.