Nel tentativo di liberare Gwen e Max dalle grinfie del Dr. Animo Ben attiva accidentalmente il meccanismo di autodistruzione dell'Omnitrix. Ben e Gwen tentano di salvare l'universo dalla minaccia che incombe.
In una battaglia contro Animo, Ben viene travolto da una strana energia luminosa e si attiva la funzione di autodistruzione dell’Omnitrix.